A Apis Nativa implementou e certificou os Pontos Críticos de Controle de Análise de Perigos (APPCC), Boas Práticas de Industrialização (BPF) e os Procedimentos Operacionais Padronizados (SOFs). Por meio desses sistemas de controle de qualidade, a empresa garante a produção de alimentos seguros aos consumidores.

A Apis Nativa se preocupa com a rastreabilidade do produto, portanto, para garantir o controle do mesmo, a Apis Nativa mantém um arquivo de todos os fornecedores e todas as matérias-primas são registradas no sistema interno de identificação que garante todo o registro e controle do lote , desde o apiário até os consumidores finais. Este controlo permite ao HACCP e Rastreabilidade a fácil identificação da origem dos produtos e garantir uma rastreabilidade completa. Todos os lotes são facilmente rastreáveis ??até o apicultor.

Para garantir a máxima qualidade do produto, os fornecedores são inspecionados para verificar se atendem ao requisito de Boas Práticas de Produção e Higiene, e somente os apicultores que o atendem são autorizados como fornecedores da Apis Nativa.

Os colaboradores da Apis Nativa também recebem treinamento sobre Boas Práticas de Higiene, Comportamento Pessoal e informações sobre BPF e SOP's e HACCP.